Sedan installationen är avklarad är det dags att börja kryptera.
Vid kryptering eller avkryptering kan man inneha flera olika provata nycklar. I detta fall måste du välja en av dem. Detta kan göras genom modifieraren -u UID eller genom  --local-user UID. Detta får standardnyckeln att bytas ut mot den specificerade nyckeln. Om du vill byta mottagare använder du -r eller --recipient.
Kommandot för kryptering är:
gpg -e Mottagare [Meddelande]
gpg --encrypt Mottagare [Meddelande]
Kommandot för avkryptering eller avkodning är:
gpg [-d] [Meddelande] 
gpg [--decrypt] [Meddelande]
stdout men kan ändras till en fil genom modifieraren -o